Die Geschäftsstelle für den Vierten Gleichstellungsbericht unterstützt die Sachverständigenkommission bei der Erstellung des Gutachtens. Zu ihren Aufgaben gehört insbesondere die inhaltliche und organisatorische Vor- und Nachbereitung der Arbeitssitzungen der Sachverständigenkommission. Sie unterstützt die Sachverständigen zudem mit Recherchen oder der Vorbereitung von Vorträgen. Die Geschäftsstelle organisiert darüber hinaus Veranstaltungen und Fachgespräche und begleitet die von den Sachverständigen beauftragten wissenschaftlichen Expertisen. Sie ist weiterhin für die Öffentlichkeitsarbeit und den Transfer der Ergebnisse des Gutachtens zuständig.
Ebenso wie die Sachverständigenkommission ist das Team der Geschäftsstelle interdisziplinär zusammengesetzt. Die Mitarbeitenden haben einen Hintergrund in Rechtswissenschaften, Ökonomie und Politikwissenschaften mit fachlichen Schwerpunkten in der Geschlechterforschung.